Ο Αλέξανδρος Εμμανουήλ γεννήθηκε στη Σκιάθο, γιος του ιερέα Αδαμαντίου Εμμανουήλ από οικογένεια ναυτικών και κληρικών του νησιού και της Γκιουλώς (Αγγελικής) Εμμανουήλ το γένος Μωραΐτη, καταγόμενης από αρχοντική οικογένεια του Μυστρά. Είχε τέσσερις αδελφές και δύο αδερφούς, από τους οποίους ο Εμμανουήλ, πρωτότοκος της οικογένειας, πέθανε σε νηπιακή ηλικία. Στη γενέτειρά του τέλειωσε το δημοτικό σχολείο και γράφτηκε στο Σχολαρχείο (1860), την τρίτη τάξη του οποίου όμως αναγκάστηκε να παρακολουθήσει στη Σκόπελο (1865), καθώς στη Σκιάθο είχε καταργηθεί. Η πορεία των γυμνασιακών του σπουδών πραγματοποιήθηκε επίσης μετ' εμποδίων, συνοδευόμενη από διαρκείς διακοπές εξαιτίας κυρίως της οικονομικής ανέχειας της οικογένειάς του. Αποφοίτησε από το Βαρβάκειο Γυμνάσιο της Αθήνας το 1874 σε ηλικία εικοσιτριών ετών, ενώ είχε προηγηθεί περιπλάνησή του στα γυμνάσια της Χαλκίδας και του Πειραιά. Ως το 1872, οπότε ταξίδεψε στο Άγιο Όρος, όπου έμεινε μερικούς μήνες ως προσκυνητής, ολοκλήρωσε την (χαμένη) κωμωδία Ο διοπτροφόρος και ένα ποίημα αφιερωμένο στη μητέρα του. Από το 1873 και για δέκα χρόνια περίπου έζησε στην Αθήνα (με κάποιες επισκέψεις στη Σκιάθο) σε συνθήκες οικονομικής ανέχειας, συγκατοικώντας με συγγενείς και συμπατριώτες του και εργαζόμενος ως οικοδιδάσκαλος για να κερδίσει τα προς το ζην. Το 1874 γράφτηκε στη Φιλοσοφική Σχολή Αθηνών, όπου παρακολούθησε μαθήματα για δύο μόνο χρόνια, εξακολούθησε όμως να προφασίζεται συνέχιση των σπουδών του στην οικογένειά του για αποφυγή της επιστροφής του στη Σκιάθο και της στράτευσής του. Το 1877 δημοσίευσε ανώνυμα σειρά άρθρων στην Εφημερίδα με τίτλους Η εβδομάς των Αγίων Παθών και Το Άγιον Πάσχα, ενώ δυο χρόνια αργότερα δημοσίευσε με την υπογραφή Α.Πδ. το ιστορικό μυθιστόρημα Η μετανάστις στην εφημερίδα Νεολόγος Κωνσταντινουπόλεως με παρακίνηση του εκδότη της και φίλου του Βλάση Γαβριηλίδη. Το 1881 δημοσίευσε το ποίημα Δέησις (Εράνισμα εκ των ψαλμών) στο περιοδικό Σωτήρ, εγκαινιάζοντας την επίσημη πλέον παρουσία του στα γράμματα με το όνομα Αλέξανδρος Παπαδιαμάντης (το επώνυμο συνδυασμός του ονόματος και της ιερατικής ιδιότητας του πατέρα του). Ένα χρόνο αργότερα προσλήφθηκε ως μεταφραστής στην Εφημερίδα του Δημητρίου Κορομηλά και παράλληλα δημοσίευσε σε συνέχειες το μυθιστόρημα Οι Έμποροι των Εθνών στο περιοδικό Μη χάνεσαι του Γαβριηλίδη με το ψευδώνυμο Μποέμ. Τα οικονομικά του προβλήματα άρχισαν να υποχωρούν και έτσι ανακοίνωσε και στην οικογένειά του τη συγγραφική του δραστηριότητα. Ως το 1885 συνέχισε να δημοσιεύει έργα του στην εφημερίδα Ακρόπολις (Η Γυφτοπούλα - 1884) και το περιοδικό Εστία (Χρήστος Μηλιώνης - 1885). Ακολούθησαν δυο χρόνια σιωπής του (οι πληροφορίες αναφέρουν συγκατοίκησή του με τον μοναχό Νήφωνα που είχε τότε εγκαταλείψει το Άγιο Όρος) ως το 1887, οπότε σημειώθηκε η δημοσίευση του διηγήματος Το Χριστόψωμο στην Εφημερίδα. Η τελευταία αυτή συνεργασία του κράτησε ως το 1891 και καρποί της στάθηκαν πολλά διηγήματά του και λογοτεχνικές μεταφράσεις με κορυφαία εκείνη του έργου του Ντοστογιέφσκι Έγκλημα και τιμωρία. Το 1891 επιχείρησε χωρίς επιτυχία να πραγματοποιήσει έκδοση επιλογής των διηγημάτων του με τίτλο Θαλασσινά Ειδύλλια (δεύτερη προσπάθειά του το 1902 απέτυχε επίσης).Είχε προηγηθεί μια έκδοση διηγημάτων του μαζί με έργα των Α.Μωραϊτίδη και Α.Σπηλιωτόπουλου από τον Γαβριηλίδη (1890) καθώς και το άρθρο του Παλαμά για τον Παπαδιαμάντη στην Τέχνη (1889). Εξακολούθησε να δημοσιεύει διηγήματα και να εργάζεται ως μεταφραστής σε εφημερίδες και περιοδικά, προσπαθώντας παράλληλα να ενισχύσει οικονομικά την οικογένειά του (το 1895 πέθανε ο πατέρας του). Από το 1902 ως το 1904 έμεινε στη γενέτειρά του, όπου αφοσιώθηκε στη μετάφραση των έργων History of the Greek Revolution του Thomas Gordon και History of the Greek Revolution του George Finlay κατά παραγγελία του Γιάννη Βλαχογιάννη με τον οποίο η φιλία του χρονολογείται από το 1901. Από τη Σκιάθο συνέχισε να στέλνει έργα του στα αθηναϊκά φύλλα (το 1903 δημοσιεύτηκε η Φόνισσα). Το 1904 επέστρεψε στην Αθήνα. Είχε προηγηθεί νευρικός κλονισμός του αδερφού του Γιώργη και ακολούθησε ο θάνατός του το 1895. Εξακολούθησε τη συγγραφική του δραστηριότητα (παρά την κακή κατάσταση της υγείας του), χωρίς ποτέ να δει έκδοση των έργων του και το 1906 ο Γιάννης Βλαχογιάννης τον πηγαίνει στο φιλολογικό καφενείο της Δεξαμενής. Ως τότε ο Παπαδιαμάντης απέφευγε τους λόγιους κύκλους, λόγω της οικονομικής του ανέχειας, του φόρτου εργασίας του αλλά και της μοναχικής φύσης του και προτιμούσε να συχνάζει σε λαϊκές αθηναϊκές συνοικίες ή να ψέλνει στην εκκλησία του Προφήτη Ελισσαίου στο Μοναστηράκι με τον ξάδερφό του Αλέξανδρο Μωραϊτίδη. Στη Δεξαμενή φωτογραφήθηκε (για πρώτη φορά στη ζωή του) από τον Παύλο Νιρβάνα και η ιστορική πλέον φωτογραφία του δημοσιεύτηκε ολοσέλιδη συνοδεία εκτενούς άρθρου για το πρόσωπό του από το Νιρβάνα στα Παναθήναια. Η κατάσταση της υγείας του παρουσίαζε διαρκή επιδείνωση Το Μάρτη του 1908 αρνήθηκε να παρευρεθεί στον εορτασμό των εικοσιπέντε χρόνων του στο χώρο της λογοτεχνίας στον Παρνασσό και στο τέλος του ίδιου μήνα έφυγε για τη Σκιάθο, όπου έμεινε ως το θάνατό του, εξακολουθώντας να στέλνει διηγήματα σε εφημερίδες και περιοδικά της Αθήνας. Πέθανε από πνευμονία το Γενάρη του 1911. Μια μέρα πριν πληροφορήθηκε πως είχε τιμηθεί με το παράσημο του Αργυρού Σταυρού του Σωτήρος.